La carpeta raíz de un dominio es donde se encuentran almacenados todos los archivos y subcarpetas que conforman el sitio web que opera bajo dicho dominio.
El dominio principal siempre apunta a la carpeta public_html de la cuenta, la cual puede ser accedida a través de FTP o del Administrador de Archivos en cPanel.
Tanto los dominios aparcados o parqueados, como los dominios adicionales o complementarios, pueden apuntar a una subcarpeta dentro de public_html o a una carpeta diferente, que se indica en la configuración del cPanel.
Si el dominio principal utiliza WordPress o cualquier otro software que emplee mod_rewrite desde su archivo .htaccess, se recomienda crear subdominios, alias y dominios adicionales en carpetas que no sean subcarpetas de public_html para evitar la posibilidad de que hereden las reglas del dominio principal, lo que puede causar errores difíciles de solucionar.